Tunku Abdul Rahman juga bertanggungjawab mengilhamkan penubuhan Malaysia yang terbentuk pada 16 September 1963, satu gagasan persekutuan yang terdiri dari Tanah Melayu, Singapura, Sabah dan Sarawak. Walaubagaimanapun beliau dengan berat hati kemudiannya telah menyingkirkan Singapura dari Malaysia pada 9 Ogos 1965. Tindakannya adalah didasarkan kepada anggapannya bahawa Singapura adalah 'barah yang harus dibuang' demi mengelakkan kacau-bilau politik merebak ke seluruh negara.Bagi Tunku Abdul Rahman ini perlu dilakukan demi keamanan negara ketika itu. Pada tahun 1969, pergolakan politik telah membawa kepada peristiwa hitam "13 Mei".Pada masa itu, beberapa pemimpin muda yang berfikiran radikal mendesak Allahyaraham untuk meletak jawatan. Beliau dikritik kerana kurang melaksanakan dasar pro-Melayu sehingga menyebabkan berlakunya rusuhan. Walau bagaimanapun Tunku Abdul Rahman enggan berbuat demikian sehinggalah masalah itu dapat diselesaikan. Ekoran dari insiden itu, Tunku Abdul Rahman telah menyerahkan kuasa eksekutif kepada Tun Razak yang mempengerusikan Majlis Gerakan Negara (MAGERAN).